养殖池塘随着养殖进程的推进，氮和磷等植物营养元素的不断富集可引起水体富营养化，导致部分种类藻类短时间内大量爆发，从而形成水华。当这些藻类的生长进程发展至衰亡阶段，伴随死亡藻类而来的还有藻毒素，其不仅对养殖动物产生毒害效应，通过营养富集同样也会危及人们的生命健康。
1. 蓝藻毒素
蓝藻毒素是某些水华蓝藻细胞破裂后释放出来的有毒次级代谢产物，在淡水中的种类很多。根据蓝藻毒素的结构和所作用的部位不同，可将其分为肝毒素（hepatotoxins）、神经毒素（neurotoxins）和其他毒素。
1.1 肝毒素（hepatotoxins）
肝毒素是以肝脏作为靶器官，主要包括微囊藻毒素、节球藻毒素和柱孢藻毒素等几类。这类毒素主要由微囊藻、鱼腥藻、球藻、颤藻和念珠藻等几种藻类产生。
微囊藻毒素是富营养化水体中普遍存在的一类肝毒素，它是一类环状七肽化合物，属于细胞内毒素，当藻类死亡细胞破裂后释放出来产生毒性。大量的研究表明，微囊藻毒素的毒性作用机制主要是其能够特异性地与蛋白磷酸酶1和2A的丝氨酸和苏氨酸的亚基结合，从而抑制了PP1和PP2A的活性，打破细胞内磷酸化和去磷酸化的平衡，改变多种酶的活性，引起肝脏充血肿大，破坏肝脏组织结构，促进肿瘤形成诱发产生肝癌。
1.2 神经毒素（neurotoxins）
神经毒素主要作用于神经系统，其化学成分为生物碱，主要包括嘌呤类的鱼腥藻毒素、石房蛤毒素和新石房蛤毒素等。神经毒素主要由鱼腥藻、颤藻、束丝藻、浮丝藻、柱孢藻、微囊藻和节旋藻等藻类产生 。
鱼腥藻毒素包括鱼腥藻毒素-a 和鱼腥藻毒素-a（s）两种。鱼腥藻毒素-a可以与乙酰胆碱受体结合，长时间刺激肌肉细胞会使肌肉过度兴奋而痉挛，并且会影响呼吸系统，动物会因为呼吸被抑制而窒息死亡；鱼腥藻毒素-a（s）可以抑制乙酰胆碱酯酶对乙酰胆碱的降解，影响乙酰胆碱的正常释放，导致神经肌肉过度兴奋而痉挛，最后致使动物呼吸受到抑制而窒息死亡。鱼腥藻毒素-a（s）与鱼腥藻毒素-a的中毒症状类似，主要表现为粘性流涎，流泪，小便失禁，肌束颤动，抽搐，呼吸窘迫后死亡，这些症状是由于外周乙酰胆碱酯酶抑制的作用产生的。
1.3 其他毒素
蓝藻毒素除了包含肝毒素和神经毒素外，还包括皮肤毒素（dermatotoxins）。皮肤毒素主要由海洋蓝藻巨大鞘丝藻（Lyngbya majuscula）产生，它是有效的肿瘤启动子和蛋白激酶C的活化剂，具有促肿瘤的作用。
由此可见，蓝藻细胞在死亡后会释放出各种毒素，对池塘内鱼虾造成巨大危害，因此，当池塘爆发蓝藻时，不建议采用化学药物杀灭蓝藻，而是采用物理法和生物法综合控制蓝藻，采取生态占位原理，定向培养有益藻，让小球藻和硅藻等有益藻与蓝藻竞争，安全可靠。
2. 三毛金藻毒素
三毛金藻大量繁殖时，向水中分泌细胞毒素、溶血毒素和鱼毒素等五种毒素。其致毒作用与蓝藻不同，它是在细胞内合成再分泌到水中引起生物中毒，为外毒素。但这些毒素不会直接毒死鱼类，而是被水中的钙和镁等二价阳离子激活后，对于所有用鳃呼吸的水生动物产生毒性。
鱼毒素改变鳃表面的选择渗透力，使细胞毒素和溶血毒素易于进入鱼体，同时使鳃本身对毒素的抵抗力降低；鱼毒素还能阻碍气体通过鳃的运转，溶血毒素进入鱼体后则破坏红细胞。除此以外，这些毒素对鱼的神经系统和肌肉组织也有不良作用。
三毛金藻毒素的分泌和积累主要在夜间进行，因而鱼类的中毒现象通常是在清晨开始发生。鱼类三毛金藻中毒不呈现浮头现象，而是在水面下静止不动。初期鱼类焦躁不安，呼吸频率加快，游动急促，方向不定；经过短时间后就渐渐平静下来，中毒的鱼反应迟钝，鳃分泌大量粘液，鳍基部充血，鱼体后部颜色变浅，呼吸缓慢，鱼向池塘的背风浅水处集中。排列无规则，受到惊扰能较快速地游到深水处，不久又返回池边；随着中毒时间的延长，鱼布满鱼池的四角及浅水池边。大都头朝岸边，排列整齐，在水面下静止不动，也不浮头，受到惊扰也毫无反应，自胸鳍以后的鱼体麻痹、僵直，尾鳍、背鳍都不能摆动，只有胸鳍尚能缓慢活动，但鱼体不能前进，呼吸极为困难而微弱，鳃盖、眼眶周围、下颌及体表充血，但也有体表不充血的，最后失去平衡而死。
3.甲藻毒素
根据中毒症状与机理甲藻毒素主要分为麻痹性贝毒（PSP）、腹泻性贝毒（DSP）、神经性贝毒（NSP）、西加鱼毒。
3.1 麻痹性贝毒（PSP）
PSP是一类拥有胍基的三环氨基甲酸脂类的化合物及其衍生物，由石房蛤毒及其天然衍生物如膝沟藻毒素、新石房蛤毒素组成。主要由塔玛亚历山大藻、微小亚历山大藻、链状亚历山大藻等分泌产生。PSP是有效的膜神经毒素，能造成细胞膜特别是神经细胞膜电压门控的钠离子通道（VSSC）高亲和力障碍。PSP通常与神经细胞膜结合，影响或阻止钠离子向细胞内流动，从而使正常的动作电位无法形成，进而抑制神经传导，导致神经性麻痹。海洋生物中由于贝类对麻痹性贝毒具有极强的抵抗 性，因此这种毒素就在贝类体内储存积累，人类或动物食用这些有毒贝类会产生一系列神经麻痹症状，严重的可能致命。
3.2 腹泻性贝毒（DSP）
DSP是一类多环聚醚类或大环内酯类化合物，一般分为鳍藻毒素（酸性）、蛤毒素（中性）、扇贝毒素（其它成分）。由于毒素仅局限于贝类的中肠腺，因此对大型贝类而言，如除去该部位可避免中毒。中国沿海可产生DSP的有毒藻主要为具尾鳍藻、渐尖鳍藻、三角鳍藻、倒卵形鳍藻、帽状鳍藻、波罗的海原甲藻、墨西哥原甲藻、利玛原甲藻和微型原甲藻等。
3.3 神经性贝毒（NSP）
NSP是一类毒性影响较小的毒素。神经性贝毒含有脂溶性的多醚化合物，不含氮，其活性成分为短裸甲藻毒素。人误食含有NSP的食物时，主要的中毒症状是神经麻痹。NSP的潜伏期较短，一般为数分钟至数小时，中毒者主要表现为唇、舌头、喉头及面部有麻木感与刺痛感、肌肉疼痛、头晕等神经性症状及某些消化道症状。疾病持续的时间一般为几天，很少出现死亡情况。短裸甲藻毒素主要危害神经系统。它也是主要通过贝类积累毒素人们食用染毒的贝类后中毒。人类食用后的30 min到3 h就会出现各种神经系统中毒的症状。这类毒素对鱼类也有剧毒。
3.4 西加鱼毒
西加鱼毒素是由生活在热带地区的甲藻产生的一类毒素，现在确定的3种毒素为西加毒素（CTX）、刺尾鱼毒素（MTX）和鹦咀鱼毒素（STX）。