水域生态系统包括内陆水域与海洋水域，内陆水域又包括河流、湖泊、水库、池塘、沼泽湿地、盐水水域等；海洋水域则包括河口、浅海、大洋等。水域生态系统是明显区别于陆地生态系统的，从结构上看，水域生态系统包含3-4个非生物组分，而陆地生态系统通常仅包含土壤与空气；水域生态系统具有明显的垂直分层，而陆地生态系统则不明显；水域生态系统中的分生物组分所占比重远超过陆地生态系统，二者相比，其温度更为稳定，光照条件更差，氧含量也更低；水域生态系统生境活动性更大，并有独有生物生存其中。从功能上看，水域内的浮游植物整个植物体均可进行光合作用，生产效率较高等植物更高；水域内物质循环速率较陆地也更快；水域中的藻类所产生的有机质较陆生植物更利于生物吸收利用；水生生物渗透营养更为发达，内含各种微生物具有更为重要的营养意义，水域腐质链的意义也更显著。
1. 海洋生态系统
1.1 红树林生态系统
红树林作为热带、亚热带河口海湾潮间带的木本植物群落，以红树林为主的生物群落与生境组成的统一体称为红树林生态系统。其生境是滨海沼泽湿地，并因潮汐更迭形成森林环境，但又不同于陆地森林生态系统。通常热带海区60-70%的潮间带均有红树林的踪迹。红树林区通常是虾与鱼类的育苗场，鱼虾在其生活史中游向大海前会在此处度过。
1.2 海草生态系统
海草主要是生活于热带和温带海域的浅水海岸带、一般在潮下带浅水6米以上（少数可达30米）的环境中。海草适生于近海浅水域和河口海湾环境，普遍生长在珊瑚礁的泻湖和大陆架（暗礁）的浅水里，在淡水区无法生存。海草具有的超强耐盐性，可以使其完全生长于沉水环境中，具有发达的根状茎，能进行水媒传粉。海草所生长的海洋边缘地带通常具有极高的生产力，碳的固定量几乎可与热带雨林相比，海草场作为热带水域重要的潮下带生产者，成为许多经济鱼类与无脊椎动物的天然栖息地。
1.3 河口生态系统
河口是地球上陆海两类生态系统的交错地带，是海水与淡水交汇混合的沿岸海湾。该地区的一个重要特征则是盐度的周期性与季节性变化。河口地区的生物群落特征通常表现为种类多样性低，但某些种群的丰度却很大。
1.4 浅海生态系统
浅海区是介于潮下带至深度200米左右大陆架边缘之间，属于滨海浅水地区，该地区存在近岸上升流（深层海水涌升至表层的过程）。我国近海主要的经济鱼类主要为大黄鱼、黄鱼、带鱼、墨鱼等“四大海鱼”及鲱鱼、马面鲀、鲳鱼、鲐鱼等。
1.5 大洋生态系统
大洋生态系统是地球上生物最广阔的栖息场所，表层阳光充足，浮游植物可以在此进行光合作用，透光层一般可在200米以上。跃温层的下方，水温低且变化小，1500米深度以下的水温基本可以保持恒定。
2. 陆水生态系统
2.1 河流生态系统
河流生态系统生境流水不停，陆水交换，是联系陆地与海洋生态系统的纽带，溶解氧丰富。水层中游泳生物一般具有流线型身体，以便在流水中产生最小的摩擦力，许多急流底栖动物具有非常扁平的身体，使它们能在石下和缝隙中得以栖息，很多生物营附着或固着生活，如附着绿藻、刚毛藻、硅藻等。鱼类组成由于地理位置不同而表现出明显差异，就我国河流鱼类而言，以鲤科鱼类为主，群落组成与湖泊类似。
2.2 湖泊生态系统
湖泊是陆地低洼地区形成的不与海洋发生直接联系的大面积水体，凡是陆地上排水不良的洼地均可储水并发育成湖泊。湖泊是主要的水产养殖生态系统，也是重要的淡水渔业基地。
2.3 水库生态系统
水库主要是在河流上筑坝拦蓄径流而成，大坝可以作为水库的标志，水库的非生物环境和生物学状况和湖泊非常相近。又由于是在河流中建成，因此兼具了河流和湖泊的特点。由于水库的水位特点，水库鱼类区系在自然形成过程中，经济价值低的野杂鱼在数量上极易成为优势，因此，应适时采取相应措施保证水库鱼类区系能与渔业经济利益相适应。
2.4 养殖池塘生态系统
养殖池塘作为人工生态系统，具备天然生态系统的一切共性，但在人类控制和影响下，又具有某些独特的结构与功能特点。
首先，养殖池塘通常面积小、水浅，易受天气及人为活动的影响，使得环境变化较快。
其次，生物群落并非自然演变而来，主要是在人类的主观意愿下形成的，种类组成趋于单一化，种间的相互适应能力较差，优势种突出。
第三，生产者几乎由浮游植物组成，大型消费者为人为投放的养殖动物，分解者也多为人为投入的有益菌群组成。
第四，池塘生态系统生产力高，外来有机质量大，食物链短、养殖动物产力高。
最后，由于生境的易变性及群落组成的简单化，使得系统本身的自动调节能力及稳定性较低。
我国传统养鱼模式包括混养、密养、施肥、投饵和人工增氧等，力图在人工控制下最充分的发挥养殖池塘的生产性能。因而，在结构和功能方面我国很多高产池塘也很充分的体现了上述人工生态系统的特点。